Monet
varmaan muistavat parin vuoden takaiset uutiset, jossa väitettiin, että
huomattavasti uskottua suurempi osa genomistamme (80 %) suorittaa erityistä
tehtävää[1].
Kyseiset ENCODE-projektin tutkijat kutsuivatkin tuloksia roska-DNA:n tuhoksi ja
ennustivat, että joudumme kirjoittamaan uudestaan kaikki oppikirjamme[2].
Heidän väitteensä on saanut kuitenkin uskomattoman paljon kritiikkiä ja
aiheesta, sillä nämä tutkijat mm. määrittelivät uudestaan sen, mitä tarkoittaa
toiminnallinen yksikkö.
Eksyin
eilen Houstonin yliopiston professorin Dan Graurin blogiin[3].
Hän ihmetteli sitä, miksi ENCODE-projektissa käytettiin tilastollisissa
menetelmissä luottamusväliä 90 %, jolloin heidän laskelmiensa mukaan genomimme
toiminnallinen osuus olisi 80 %. Lähes poikkeuksetta tieteessä luottamusvälinä
käytetään 95 %, 99 % tai 99,9 %. Tähän ei ole minkäänlaista järkiperustetta,
vaan se on ainoastaan tiedeyhteisön vakiintunut tapa, jolla voidaan arvioida
sitä, kuinka todennäköisesti havaitut ilmiöt ovat vain sattumia[4].
Jos
tarkastelemme ENCODE-projektin julkaisun lisämateriaalia[5],
niin voimme havaita, että heidän mukaansa genomimme toiminnallinen osuus on
jotain -8 % ja 119 % välillä. Tiukemmalla ja yleisemmin käytetyllä 95 %
luottamusvälillä heidän tuloksensa saisivat vielä huvittavampia arvoja.
Professori Graurin lailla uskon
täysin tähän tulokseen. On erittäin todennäköistä, että genomimme
toiminnallinen osuus on jotain ei mitään (ja vähän vähemmän) sekä kaiken (ja
vähän enemmän) väliltä.
Tutkija
kellarista
[1] http://yle.fi/uutiset/tutkijat_kartoittivat_genomimme_toiminnan/6283756
[2] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22955616
[3] http://judgestarling.tumblr.com/post/80019024521/i-was-wrong-encode-was-right-the-fraction-of-the
[4] http://www.nature.com/news/scientific-method-statistical-errors-1.14700
[5] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22956687
Ei kommentteja:
Lähetä kommentti